На Мангупе и в его ближайших окрестностях найдено наибольшее количество византийских надписей в Горном Крыму — 27 памятников греческой и 2 готской эпиграфики. В Северном Причерноморье это третья по количеству коллекция византийской эпиграфики после Херсонеса (102 надписи) и Керчи (58 надписей), значительно превосходящая число византийских эпиграфических источников, обнаруженных в Судаке (15 надписей) и Инкермане (14 надписей). Мангупские надписи разнообразны по своей тематике: строительные, посвятительные, инвокативные (с обращением, призывом), литургические (в том числе стихотворные), памятные, подписи к иконам. Среди них есть лапидарные надписи на каменных плитах и на скальной поверхности, граффити и даже одно дипинто (надпись, выполненная краской).
Надписи, с учетом недостатка других письменных свидетельств, становятся ценнейшим источником по истории княжества Феодоро и его столицы. Но судьбы таких находок различны: немногие дошли до нашего времени, оставаясь целостными. Значительное число надписей, найденных до 1917 г., исчезло из поля зрения исследователей надолго или даже навсегда. 
Это, к примеру, надпись на воротах Мангупа, упомянутых Мартином Броневским, инскрипты на одной из башен в балке Гамам-Дере, известные исследователям XIX в. И. С. Андриевскому и Н. Н. Мурзакевичу, или выполненные краской на фресках городских храмов изречения, стершиеся почти бесследно для современной науки.
И все же немало надписей опубликовал в начале ХХ в. В. В. Латышев. Известны примеры обнаружения, как казалось, утраченных находок. Надпись Цулы-бега 994/5 г., найденная М. И. Скубетовым в 1901 г. в оборонительной стене в балке Табана-Дере и, утерянная уже к 1916 г., но неоднократно обсуждавшаяся потом в литературе, была заново открыта А. В. Белым только уже в 1977 г. В то же время, строительная надпись 1403 г., от которой в 1913 г. были найдены только три конечных фрагмента, в настоящий момент, сохранила один фрагмент (правый верхний) в фондах музея-заповедника «Херсонес Таврический». Недавно все известные византийские греческие надписи Мангупа были собраны воедино в рамках V тома 3-го издания IOSPE, существующего пока только в электронном виде.
При изучении надписей большие затруднения создают нанесенные им повреждения, причем как древние, так и современные. Из первых выделяется сознательным перечеркиванием всех строк строительная надпись 1282/3 гг. из башни Второй линии обороны крепости в Табана-Дере, которая сообщает о победе над некими врагами. Нельзя исключать, что эти неприятели и перечеркнули впоследствии текст надписи. Остальные древние повреждения имеют случайный характер, например, из-за вторичного использования. 
Так, надвое расколота была строительная надпись князя Алексея 1425 г., от которой сохранилась только правая часть. Впрочем, терпят ущерб, к сожалению, надписи и в новое время. Так, строительная надпись Хвитана была после находки в 1913 г. разбита на части, причем сравнение современного ее состояния с фотографией 1933 г. показывает новый скол на нижнем правом углу, не позволяющий точно прочесть последнюю цифру года и, соответственно, точно определить дату надписи — 1300/1 или 1361/2 гг.
Вышеупомянутая надпись Хвитана найдена в обкладке могилы внутри Мангупской базилики. Она говорит о строительстве стены и башни (где и должна была, судя по всему, быть помещена надпись первоначально) в Пойке:
Господи Иисусе Христе, Бог наш, спаси создавших эту крепость. Построена эта башня всегорода почтенной Пойки при помощи Божьей и святого Димитрия и при содействии всечестнейшего нашего Хвитана сотника, всякой чести; и обновление Феодоро: вместе с Пойкой построены вместе в 6809 (или: 6870) году.
Местоположение Пойки является предметом дискуссии. Для сторонников гипотезы о тождестве Пойки акрополю Мангупа на мысе Тешкли-бурун, хорошо объясняющей появление надписи на городище, важным аргументом было мнение Н. В. Малицкого, читавшего πάνω πόλεως, как «верхнего города». В настоящее время А.Ю. Виноградов полагает ясно читающимся на камне πανπόλεος «всегорода», вместо «верхнего города». Если же верна гипотеза о тождестве Пойки поселению на г. Бойка, то возникают вопрос, почему находка данного камня сделана на Мангупе? Таким образом, либо он был перенесен с Пойки на Мангуп, либо, наоборот, почему-то не был туда отправлен и использован вторично в кладке погребения. Классический пример перемещения надписей в Новое время — строительная надпись князя Алексея 1427 г., которую уже в XIX в. относили то к Мангупу, то к Каламите, что значительно влияло на ее историческую интерпретацию.
Интересны встречающиеся в мангупских надписях имена, титулы и топонимы. Наряду с традиционными христианскими именами (Агапий, Алексей, Григорий, Давид, Даниил, Иоанн, Константин, Павел, Прокл, Прокопий, Стефан, Фекла, Феодор, Феодосий, Юстин), здесь встречается готское имя Хвитан (*Hwītan-) и тюркские имена Карамани…, Мунзи (или Мунзит), Цула, а также имена неясного происхождения (Кедо/ Кедот, Эрдастий). Этот именослов отражает неоднородность населения Мангупа, причем в разные эпохи. 
Другой интересный пример отражения в надписях сложной жизни города — уникальный средневизантийский хлебный штамп из камня со стихом из Пс 9, 28, предназначенным для чина «изобличения вора».
Самый ранний памятник мангупской эпиграфики — строительная надпись Юстиниана I. Она выполнена крупными буквами для всеобщего обозрения и использована затем вторично в обкладке могилы или в столпе базилики. Надпись хорошо согласуется со свидетельством Прокопия Кесарийского о строительстве «длинных стен» в горных проходах «страны Дори», но вызывает сложности с первоначальной локализацией камня. 
Реконструируемая по длине строк его ширина (65 см) вполне совпадает с шириной блоков в стене мангупской клисуры, раскопанной В. А. Сидоренко, однако блоки такого же размера имеются и в ранневизантийских стенах на самом плато, в том числе у главных ворот. Находка надписи на плато делает второй вариант более вероятным, однако тогда возникает проблема согласования со словами Прокопия о том, что Юстиниан не строил для крымских готов крепостей. Возможно, эту проблему решат новые археологические находки.
Увы, даже эпиграфика не позволяет узнать название Мангупа в ранневизантийский период, равно как и причину трансформации «Дори» в топоним «Дорос», произошедшей, судя по письменным источникам, где-то в первой половине VIII в. Тем не менее, этот тип находок позволяет судить о разных временах жизни Мангупа, в том числе о периодах, которые археологически почти не фиксируются. В истории Мангупа постулируется некий разрыв в развитии городища между средне- и поздневизантийским периодом, в том числе в XII в. В эти представления, однако, плохо вписывается надпись, выполненная «горожанами» о возобновлении, очевидно, базилики под водохранилищем (современное, сооружено в 1970-е гг.), ясно датированная 1179 г. 
О том, что строительная активность в конце XII в. в округе Мангупа не была случайным изолированным всплеском, подтверждают надписи 1220/1 г. и 1224/5 г. из пещерного «Северного монастыря», вырубленного в 1220-х гг.
Изменения в стиле надписей, от очень скромного по своему оформлению (до начала XIV в.) и до высококачественного палеологовского стиля эпиграфики, с рельефной вязью между выпуклыми линиями, к тому же на мраморе, свидетельствуют не только о смене письменной традиции на Мангупе, но и о смене политических элит в княжестве Феодоро, связанной, по всей видимости, с военной катастрофой около 1396 г. К новой традиции принадлежат все последующие строительные надписи Феодоро, как с Мангупа, так и из других мест – Херсона, Каламиты, Партенита, Фуны, а также, судя по монограммам, пропавшая надпись на одной из башен в Гамам-Дере. Впрочем, некоторые палеографические моменты (прежде всего, тенденция к удлинению букв) позволяют выделить внутри традиции две группы: раннюю (1400-1420-е гг.) и позднюю (1450-е гг.), вероятно, связанные со сменой поколений внутри династии феодоритских правителей.
