С VI по XV в. на пространстве базилики Мангупа и около нее сформировался большой могильник. Он состоял из выбитых в скале склепов, гробниц, множества (более 400) грунтовых погребений и разрозненных костных развалов. В 1996 г. на юго-западном участке раскопок перед входом в базилику были повторно (после раскопок Р. Х. Лепера и Л. А. Моисеева в 1912–1915 гг.) открыты резные надмогильные сооружения. Со второй половины XII по XV в. монументальные резные надгробия получили распространение в Западной Европе, восточно-славянских странах, у народов Северного Кавказа, булгар и татар.
На Мангупе добывался мшанковый светло-серый известняк, его обработка и использование в строительстве были одними из первых производств, благодаря которым стало возможным создание крепостных стен и городской архитектуры, что также предопределило сложение камнерезного промысла, проявившегося в развитии камнерезного ремесла при изготовлении надгробий. Работники отбирали крупные цельные блоки, отесывали их топором и молотом, придавая ему прямоугольную или трапецевидную форму для установки на ту или иную могилу. С течением времени совершенствовались художественные приемы и способы обработки камня.
Наиболее ценными для исследования признаются плиты, изученные археологами на месте обнаружения в культурном слое. На участке базилики было открыто 14 памятников. Н. И. Бармина разделила надгробия в соответствии с художественными и технологическими особенностями на четыре группы. К первой группе относятся надгробия в виде треугольных призм. Подобные памятники получили широкое распространение в общинах Восточного Кавказа в XIV в. и были традиционными для Эски-Кермена. Два камнерезных надгробия, открытые при изучении северного нефа базилики были выполнены в форме пологой двухскатной крыши. На торцовой стороне одного из них была сделана квадратная ниша, верхняя часть которой также напоминала двухскатную кровлю жилого дома и была предназначена для установки поминальной свечи.
На верхних поверхностях надгробий № 6 и № 11 был нанесен узор, напоминающий изображение латинского креста. На северной стороне надгробия № 11 в технике граффити было дважды процарапано квадратное изображение так называемого «вавилона». Подобный знак был обнаружен в верхнем культурном слое XV в. при изучении погребения № 314, расположенном поблизости от надгробия № 11. Там же была найдена каменная плитка (3,8×2,5 см, толщина – 1,2 см). На ее внешней поверхности изображен овал, внутри него – круг. Композиция рисунка разделена на две половины. Его центр обозначен двумя пересекающимися диагоналями, соединяющими верхние и нижние основания овала. В образовавшихся восьми секторах были нанесены четырехконечные кресты. В верхней части обратной стороны были просечены восьмиконечные кресты, либо «решетка». В нижней половине – также кресты, две точки, знаки и схематичное изображение человека. По ребрам плитки были нанесены четырехконечные кресты. Возможно, что эта находка – оберег.
Знак «вавилон» появился в христианской культуре в связи с языческим понятием «лабиринт», представлявшим символические врата между
двумя мирами – реальным и потусторонним, именно поэтому его наносили на надгробия епископов, игуменов как олицетворение их священства, власти, защиты, пути. Вместе с тем пока не существует единой трактовки этого символа. Ряд европейских и отечественных исследователей полагает, что «вавилоны» использовались как поле для игры в «мельницу». Л. В. Черепнин относил их к пограничным межевым знакам. Б. А. Рыбаков рассматривал их как необходимый инструмент в строительном производстве для расчетов мер длины сооружений. Некоторые специалисты считают, что это знаки собственности.
Ко второй группе относятся надгробия, которым придавался вид саркофага, устроенного на возвышении, имитирующем макет храмового здания. Крыша такого «храма» могла быть плоской – в гробницах № 7 и № 12, пологой – № 1 и № 5 или с резко подчеркнутым завершением – № 2. В западных частях надгробий (№ 1, № 2) были устроены ниши для установки поминальной свечи. Третья группа надгробий включает так называемые однорогие па[1]мятники. Надгробие № 3 отличается совершенством исполнения. Удлиненная прямоугольная форма с высоко поднятыми боковыми сторонами, узкое двухскатное завершение и четко прорезанная ниша в восточном торце придают ему своеобразную элегантность. Сказалось византийское влияние, где храмообразные саркофаги отражали представления о Храме Гроба Господня в Иерусалиме, об устройстве идеального архитектурного сооружения. Артефакты в виде небольших храмов встречаются на некрополях того же времени Северо-Восточной Руси, Кавказа и Юго-Западного Крыма. В 1912 г. Р. Х. Лепером при раскопках за центральной апсидой базилики был открыт надмогильный памятник, который представлял собой вариант однорогого надгробия. Его левая боковая часть была использована для нанесения поминальной «выпуклой» греческой надписи о погребении чтеца Стефана с женою и ребенком с датой – 9 ноября 6965 (1457) г. Это единственная сохранившаяся эпитафия является уникальной среди христианских некрополей Мангупа.
В четвертую группу вошли памятники с резными орнаментами. Надгробия № 8 и № 9 были выполнены в виде довольно высоких плит с использованием врезной орнаментики, которая наносилась либо на двухскатную поверхность, разделенную центральной широкой полосой, либо на боковые грани. Прием выемчатого треугольника позволял изображать на камне растительные узоры, имевшие тщательную прорисовку длинных сторон боковых ребер. Фрагмент надгробия из развала строительного камня на восточном участке за базиликой демонстрирует, как четко компоновались ленты из врезных треугольников, цепочки из равносторонних ромбов.
В Крыму в период позднего Cредневековья появились надгробные плиты «нового стиля» – сложная трехрядная плетенка, выполняемая гораздо более пластично и рельефно. Такой узор перекликается с северо[1]кавказским орнаментальным мотивом сынжир – «очажная цепь». В этом стиле были выполнены надгробия № 1645 и № 17. Последнее было перенесено из другого места в нартекс базилики, где находится и в настоящее время. В декорировании этих надгробий принимали участие художники (возможно, армянские мастера, издавна проживавшие в Крыму), знакомые с сельджукским стилем. Среди археологического материала Крыма сельджукские артефакты совсем не редки. Они встречаются при раскопках городища Херсона.
